中國網/中國發展門戶網訊 近年來,隨著基因組“讀”“寫”“編”才能的晉陞,以及人工智能的助力,性命系統“計算”和“設計”的理論和技術不斷衝破,使得人們對性命系統的研討逐漸迫近可定量、可預測、可分解的幻想高度。生物制造、生物醫藥、生物農業、生態環境等領域的應用解決計劃也在持續迭代和衝破,分解生物學的創重生態從學科發展到產業轉化的會聚研討過程中不斷完美,其包養對人類社會與經濟發展的賦能潛質日益凸顯。這種通過分解生物學賦能改變社會生產力甚至生涯方法的態勢,具有史無前例的深度和廣度,必定與原有的社會經濟與文明環境產生沖突,請求我們適時適地調整或重構生態系統與管理體系。在推動分解生物學發展的同時,必須規范研討范疇、明確倫理底線,確保研討結果能夠順利賦能性命科學研討和生物醫藥產業的安康、疾速發展,最終造福國家和國民。
“建物致知”的深刻,開啟懂得性命的新途徑
分解生物學基礎研討的深刻與使能技術的創新相輔相成,兩者的融會不斷晉陞“建物致知”的能級。一方面,實驗室自動化程度的晉陞、人工智能的運用使基于黑箱模子的性命系統設計與構建才能獲得顯著進步,為解析結構相變、效能涌現的道理供給了關鍵線索。另一方面,跨層級的效能涌現研討慢慢向系統化、定量化邁進,又促進了假說驅動與數據驅動研討范式的深度融會,加深了對性命系統復雜性的懂得。
脫氧核糖核酸(DNA)存儲才能的增強,是基因組“讀”“寫”技術的綜合體現。近年來,研討人員已將10幅敦煌壁畫信息寫進DNA中,并應用基于德布萊英圖理論設計的序列重建方式解決了DNA斷裂等問題。通過光遺傳學技術的運用,已經可以捕獲空間信息,并將信息作為輸進信號儲存到活細胞的DNA。2023年,國際“酵母基因組分解計劃”(Sc2.0計劃)已經完成酵母16條染色體和1條特別設計的轉運核糖核酸(tRNA)全新染色體的設計與分解。
隨著人工智能的廣泛運用,在加快基因組“讀”“寫”“編”才能的同時,開辟了分子建模和預測的新標的目的,進步了元件設計的效力和精準度,拓展了新型生物元件開發的空間。從頭開始的卵白質設計已經成為一種成熟且實用的東西,并廣泛運用于酶和卵白的定制設計中;機器學習的引進為序列、結構與效能的關聯構建供給了深刻的懂得,推動基于結構的卵白質設計算法獲得顯著進步。例如,擴散模子此前重要用于基于文本天生圖像的神經網絡模子中,現在該算法已擴展到生物學領域,用于從海量的真實結構中識別并打消噪聲、辨別結構元素;人工智能公司DeepMind發布的新一代模子AlphaFold-latest,能夠實現配體(小分子)、卵白質、核酸、翻譯后修飾的生物分子等結構的精準預測,另一模子AlphaMissense則能夠應用卵白質序列和結構信息,識別致病的錯義突變和未知的致病基因序列。
在賦能元件設計的同時,人工智能與自動化平臺的結合極年夜地增強了感性設計的才能。這些使能技術不僅晉陞了發現全新無機化合物的才能,並且顯著晉陞了化合物的分解速率和準確性。與以往需求數月才幹完成的分解比擬,集成平臺可將任務時間縮短至1天。
“建物致用”的拓展,為人類社會的周全發展供給強年夜動力
分解生物學相關東西和技術的應用為化工、資料、醫藥、食物、農業、環境等諸多領域的發展帶來了全新的解決計劃。
生物制造領域的應用
近年來,生物制形成為各國配合關注并鼎力發展的領域。2023年,我國《“十四五”生物經濟發展規劃》中明確提出“推動分解生物學技術創新,衝破生物制造菌種計算設計、高通量篩選、高效表達、精準調控等關鍵技術”。american發布《推動生物技術和生物制造創新以實現可持續、平安和靠得住的包養網心得american生物經濟》行政令,提出發展可持續、平安和有保證的生物經濟,并啟動超過20億美元支撐生物技術和生物制造的國家計劃。
生物基化學品與生物資料作為生物制造的焦點產品,其原料來源廣泛,包含纖維素、農業廢棄物、二氧化碳等,在可持續發展中發揮著主要感化。2023年,研討人員應用多重CRISPR基因編輯技術,勝利改進了木質原料的木質素成分和木材特徵,為生物制造領域供給了更多可持續應用的原資料。同時,預處理和發酵流程的綜合優化,使得木薯皮廢料能高效轉化為生物基資料。值得一提的是,我國研討人員在全球范圍內率先應用分解生物技術耦合化學催化技術,實現二氧化碳到淀粉的從頭分解。
在原料開發獲得衝破的同時,生物基產品的開發也獲得令人矚目標進展。例如,Conagen公司實現了99%純度的紅景天苷、高純度的蘿卜硫素、維生素K2、二氫白藜蘆醇以及罕見染料骨螺紫等的商業化生產;LanzaTech公司等應用無細胞制造、二氧化碳生物轉化,實現了高值化學品的生產。
醫藥安康領域的應用
在醫藥安康領域,分解生物學的運用賦能了工程化智能細胞、活菌療法、基因治療、新型疫苗、新型診斷、藥物分解等多個領域的發展。
分解生物學與人工智能的融會運用,為患者供給了更有用、精確和個性化的治療計劃。基于感性設計的診治中: 在底盤細胞應用方面,研討人員勝利應用腫瘤定植菌引導并增強了嵌合抗原受體T細胞(CAR-T細胞)的召募,新型工程菌已用于直腸癌和腸道癌檢測; 在細胞與基因治療方面,Beam Therapeutics公司的基因編輯藥物、Codagenix公司的工程化細胞療法、Synlogic公司的工程菌等產品已進進臨床試驗階段,英國藥品和醫療保健產品監管局(MHRA)與american食物藥品治理局(FDA)先后同意了Vertex Pharmaceuticals公司和CRISPR Therapeutics公司研討開發的CRISPR/Cas9基因編輯療法Casgevy的上市。
在藥物研發、臨床應用和產業化方面,青蒿酸的人工細胞工廠分解堪稱21世紀初奠基分解生物學學科基礎并展現其賦能生物技術潛力的標志性結果。此后,由于這一領域宏大的潛在應用遠景及實現衝破面臨的嚴重挑戰,自然化合物人工細胞工廠分解逐漸成為分解生物學研討的熱點之一,創新結果層出不窮。例如,研討人員通過構建高產萜類化合物的解脂耶氏酵母(Yarrowia lipolytica),使角鯊烯的滴度增添了1300倍。Amyris公司開發的半生物分解疫苗級角鯊烯的方式,不僅達到千克級的分解請求,產物質量完整合適《歐洲藥典》標準。國內外一批制藥企業,如Double Rainbow公司、Dem包養網etrix公司、伊犁川寧生物技術股份無限公司、普利制藥股份無限公司等,也實現了天麻素、醫用年夜麻素、紅景天苷等產品的商業化生產。
紫杉醇生物分解途徑解析和分解方面的進展是通過人工底盤細胞重構并解析復雜自然化合物生物分解途徑方面“建物致知”戰略的勝利案例,也將為自然化合物分解生物制造開辟“建物致用”的新遠景。紫杉醇是人類迄今為止開發的最有用的、來自自然植物產物的抗癌藥物之一,其異常復雜的化學結構導致其生物分解途徑解析研討進展緩慢。在過往數十年里,歐american家解析了其生物分解途徑中觸及的多個細胞色素P450單加氧酶、酰基轉移酶和變位酶等,但仍因部門關鍵效能基因的缺位,導致其全路徑生物分解解析未能完成。經過10余年堅持不懈的盡力,我國科學家應用酵母和煙草底盤細胞分解平臺,匯聚有機化學和計算科學,整合基因組學、生物化學、分子生物學的技術手腕,勝利發掘并表征了部門已知生物元件的新效能,發現并解析了若干新的關鍵催化酶,實現了紫杉醇焦點骨架的完全生物路線解析,并在煙草中通過起碼基因實現了生物分解。這些研討衝破為闡明完全的紫杉醇生物分解途徑奠基了堅實的基礎。
食物領域的應用
應用分解生物學技術,可以設計和構建出具有高效分解特定食物原料或組分才能的細胞工廠,確保食物的高質量供給,下降對環境資源的依賴和應用,不僅進步了生產效力,還能改進食物的營養與風味。未來,分解生物技術的進步無望晉陞包含通明質酸、母乳寡糖等自然產物的生產才能,從而推動營養成分產量的晉陞,衝破工藝瓶頸。同時,隨著質構仿真、營養優化、風味調節等方面的技術進步,新植物資源食物在營養、風味與口感等多方面都將獲得優化和晉陞。
植物肉作為更環保低碳的卵白質來源,正逐漸遭到食物行業的關注。研討人員發現,植物卵白經過物理交聯轉化為微凝膠后,其潤滑性獲得顯著晉陞,改良了植物肉的口感。研討人員應用僅編輯已有基因、無需引進外源基因的戰略,勝利培養出能包養夠本身產生生長因子的牛肌肉細胞。多家企業已勝利發布獲批上市的產品,包含Eat Just公司研發的細胞培養雞肉、Remilk公司發布的無動物牛奶“Cow-Free”、Solar Foods公司應用微生物發酵技術生產的替換卵白Solein®等。
農業領域的應用
分解生物學技術無望解決傳統農業面臨的資源限制和生產瓶頸,供給反動性的解決計劃,如改良光一起配合用效力、生物固氮才能、生物抗逆性、生物催化問題等。同時,創制高產、優質、高效的新品種和開發節能減排、平安環保的新工藝,培養和推動細胞農業、低碳農業和智能農業等新業態發展。
在作物育種方面,分解生物學的方式為育種學家帶來了夢寐以求的研討衝破,即顯著晉陞了光合效力。盡管光一起配合用需求光,但當光強超過光一起配合用所能應用的量時,會產生高能不受拘束基,導致光破壞;植物在天然選擇中進化出一種光保護機制,通過以熱的情勢耗散光能來減輕光破壞。但是,這種機制對于作物產量會產生負面效應,這是因為年夜田中葉片接受的光照時刻在變化,當作物從高光轉到低光時,光保護轉換速率會限制作物的光合效力及產量。針對這一問題,american伊利諾伊年夜學研討人員應用分解生物學的方式,通過過表達影響光能熱耗散的3個基因,勝利加速了在光強變化時植物光保護狀態的轉變速率,并起首在煙草中實現光合效力、生物量及產量的晉陞。此后,該技術在年夜豆中進行應用,又實現20%以上的年夜豆增產,在產量最高的區域增產達33%,并且沒有影響年夜豆質量。鑒于光保護機制在高級植物中的高度守舊性,該改革戰略被認為是當代作物增產的一條通用處徑。盡管在煙草、年夜豆中,改革光保護機制進步了光合效力、生物量及產量,但在一些植物中并沒有產生預期的增產後果。是以,針對光保護機制的研討已經成為當前植物分解生物學領域的國際競爭熱點之一。2023年,我國研討人員開發的年夜片斷DNA精準定點拔出新東西PrimeRoot,該東西實現了在水稻和玉米中長達11.1×103個堿基對的年夜片斷DNA高效且精準的定點拔出,其效力可達6%。此外,研討人員還應用分解生物學技術,將水稻種子的油脂含量從2.3%晉陞至11.7%,單粒種子油脂含量晉陞至1毫克。
在產品上市審批方面,2023年,英國當局頒布的《基因技術(精準育種)法案》允許在英格蘭地區應用基因編輯等技術改變生物體的遺傳密碼,使植物獲得抗旱、抗病等才能;同時,該計劃也允許通過基因編輯等技術對動物進行精準育種。這些經過精準育種技術培養的動物、植物將不再遭到英國對基因改革生物(GMOs)監管請求的約束,標志著歐洲在基因編輯和精準育種領域政策的主要轉變。2023年末,我國農業農村部發布的第732號通知佈告與739號通知佈告中,包含51個轉基因玉米、轉基因年夜豆品種等通過國家品種審定,并初次同意發放了26家企業的轉基因玉米、年夜豆種子生產經營許可證。這一系列舉措標志著我國轉基因作物商業化種植即將進邁進新的階段,無望推動農業生產的科技創新和可持續發展。
環境領域的應用
元件進化、單細胞重構、分解微生物組等應用,為應對當前環境挑戰供給了強無力的解決計劃,并為開發生物傳感器、進步生物修復效能供給了主要支撐。
聚對苯二甲酸乙酯(PET)是一種常見但不易天然降解的塑料,廣泛應用于制造塑料瓶和紡織品。研討人員勝利開發出全細胞生物催化劑,能夠應用疾速生長、無致病性、中等嗜鹽性的營養弧菌,在海水環境中解聚PET。此外,研討人員還創新設計了馬鈴薯劑量開關,應用植物的自然DNA損傷反應機制來產生熒光輸出,構建的植物傳感器可用于檢測低劑量的電離輻射。
今朝,生物分解產品的環境釋放案例尚未幾見,此中一個典範代表是Oxitec公司研發的轉基因蚊。該轉基因蚊釋放的審批過程觸及釋放的環境評估、釋放地當局的嚴格審查,包含技術的科學評估及釋放區域的公眾參與等。從整體上看,基于分解生物學的環境檢測與生物修復技術的應用在廣泛性、空間適應性、生物平安等方面仍面臨挑戰。未來的應用與發展需求加倍關注生物傳感與環境檢測、淨化物多靶點和細胞毒性評價、微生物改革和淨化物生物降解、人工多細胞系統構建和生物修復等方面。
在環境評估方面,歐盟委員會聯合研討中間對98種新興生物基資料及其對應的化石基資料進行了對比剖析。結果顯示,生物基資料的碳足跡比化石基資料均勻下降了45%,但沒有任何資料制作的產品能達到凈零排放的請求,且生物基產品還存在增添地盤富營養化的風險。針對這一發現,該團隊強調了周全評估單個生物基產品環境可持續性的主要性。別的,對遺傳改革生物的環境釋放監管應采取審慎的態度,需求系統剖析種群動態及多樣性、種群范圍、宿主行為、生物學等原因。為滿足實驗室研討、實地研討、釋放準備等分歧階段的精細化監管請求,應構建加倍綜合且周全的環境評估體系。
會聚生態的構建,為分解生包養網物學的賦能供給創新環境
發展現狀
為了推動生物技術反動,晉陞人類本身才能,并充足釋放分解生物學賦能的潛質,需求從頭審視今朝的研發體系,改革現有的組織治理形式,并促進創重生態系統的樹立。這樣才幹確保產—學—研的一起配合機制、監管政策等與分解生物學領域的會聚特點與賦能潛質相契合。
為推動未來生物經濟的發展,歐美各國紛紛制訂分解生物學發展路線圖,以加強該領域的戰略布局。american于2023年發布《生物技術與生物制造巨大目標》,以響應2022年american總統簽署的行政令。該報告在優化氣候變化解決計劃、晉陞食物生產供給才能、進步產業鏈與供應鏈彈性、促進性命安康產業發展及推進穿插領域發展5個焦點領域,提出49個具體目標和21個發展標的目的。為實現這些目標,該報告明確提出:20年內,生物基替換品至多代替90%以上的塑料和商業聚合物的應用;通過生物制造方法滿足至多30%的化學品需求;應用分解生物學、生物制造和工程化生物的手腕擴年夜細胞療法規模,并將制形成本下降10倍;在5年內實現100萬種微生物的基因組測序,并至多清楚80%新發現基因的效能。
為實現生物經濟的戰略目標,除技術研發外,構建公道的管理體系同樣至關主要。與基因工程技術比擬,分解生物學的會聚水平更高、賦能才能更強;應用分解生物學技術開發的產品的類型更多,觸及的產業類型更廣;產品的質量指標更精準,具有更高階的關鍵工藝參數,或需求更先進的檢測技術,這也使得產品的平安性、穩定性、分歧性測試或評價的傳統規范或理念遭到挑戰。是以,分解生物學時代的監管面臨越來越多、越來越復雜的難題,需求分門別類地對各領域的知識產權、標準體系、倫理審查、平安指南、產品準進、市場監管等進行剖析,摸索適用于分歧應用場景的協同機制。醫藥領域。細胞與基因治療產品因其在體內具有必定的復制才能,需求完美的有用性(高希冀性)、平安性(不確定性或高風險性)、穩定性(分歧性)的科學評價與監管方式。FDA于2024年1月發布了關于《基因編輯療法和CAR-T療法開發指南》,該指南明確了FDA對應用加快同意通道支撐基因編輯療法開發的立場,闡述了對療法的化學、生產和把持(CMC),臨床前研討和臨床試驗等多個方面的思慮;同時,供給了關于CAR-T細胞產品的CMC、藥理學、毒理學與臨床試驗設計的具體建議,以及針對表達多個轉基因元件的CAR-T細胞的效率、穩定性研討與臨床監測的細節建議。2021年,我國當局陸續發布了試行的相關指導原則,為免疫細胞治療與基因修飾細胞治療的相關產品開發供給主要的配套政策支撐,也為相關產品的審批和廣泛應用供給了明確的指導和依據。食物領域。應用分解生物學技術生產的、本來已上市的植物來源或自然來源的食物原料成分,能夠在食物原料雜質檢測或評估等方面或與傳統方式有所分歧。對該類產品的監管既需求與現有監管政策進行銜接,也需求根據技術發展和產品特點適度加以更換新的資料。2023年10月,我國初次同意母乳低聚糖(HMO)作為“食物營養強化劑”,允許其添加到調制乳粉(僅限兒童用乳粉)、嬰兒配方食物、較年夜嬰兒和幼兒配方食物,以及特別醫學用處嬰兒配方食物中。這將有助于推動分解生物學在效能性食物添加劑領域的研發與創新,促進相關產業鏈的發展。
政策建議
為進一個步驟推動我國分解生物學科技與產業的高質量發展,建議圍繞國家戰略需求,著眼國家未來競爭力,結合分解生物學領域發展規律和趨勢,制訂相應的中長期規劃和發展路線圖,凝練關鍵科學問題,明確重點領域和優先標的目的。
聚焦前沿,勇闖新路。研討不克不及總是跟著別人的腳步做延長線的任務,而應積極尋求創新和衝破。可以應用定量分解生物學的手腕,結合基于年夜數據的人工智能,推動性命科學理論研討的發展。
需求牽引,衝破瓶頸。從我國分解生物學產業和生物經濟發展需求出發,組織實施以產業關鍵技術需求為導向的嚴重科技任務攻關,重點霸佔未來影響國家平安、影響國家嚴重戰略目標的焦點技術。
多方支撐,買通全鏈。分解生物學技術要有用轉化為實際的生產力,不僅需求當局、企業、基金會等多方的支撐與投進,還需求摸索構建項目、平臺、人才、資金等全要素一體化設置裝備擺設的創新服務體系,樹立平臺化支撐、企業化治理、市場化運營的科技支撐和產業轉化形式,營造傑出的科學、經濟、社會生態環境,才幹確保從技術研發的“最先一公里”到實際應用的“最后一公里”能夠高效、順暢地銜接,真正實現分解生物學技術的價值轉化,促進生產力晉陞。
(作者:熊燕、馬雪晴、陳年夜明,中國科學院上海營養與安康研討所 中國科學院年夜學;劉曉,中國科學院上海營養與安康研討所;趙國屏,中國科學院上海營養與安康研討所 中國科學院分子植物科學出色創新中間。《中國科學院院刊》供稿)